Chương trình Secure Message không cần cài đặt, chỉ việc giải nén file SMESSAGE.zip rồi nhấn đúp vào file SMESSAGE.exe để sử dụng ngay. Chương trình có giao diện rất đơn giản. Trước tiên cần nhập đoạn văn bản muốn mã hóa vào cửa sổ soạn thảo của chương trình. Đặc biệt, có thể dùng bảng mã Unicode để gõ văn bản bằng tiếng Việt có dấu. Để làm được điều này, hãy vào menu Settings -> Font, sau đó chọn một loại font Unicode rồi gõ tiếng Việt như bình thường. Cũng có thể copy văn bản từ một file khác rồi “dán” vào cửa sổ của chương trình. Để thể hiện được tiếng Việt có dấu thì máy vi tính của người nhận cũng phải sử dụng bảng mã Unicode.
Sau khi việc nhập văn bản hoàn thành, cần khai báo mật khẩu vào khung Password 0000, chiều dài của mật khẩu tối thiểu là 3 ký tự. Cuối cùng, nhấn vào nút dấu cộng màu đỏ trên thanh công cụ hay nhấn phím F3, đoạn văn bản sẽ được mã hóa thành một chuỗi rất dài những chữ cái sắp xếp lộn xộn.
Trong chương trình Secure Message có 5 mức độ mã hóa cho người sử dụng lựa chọn, đó là: Nominal, Low, Medium, High và Extreme, được xếp theo thứ tự từ thấp đến cao. Phiên bản miễn phí của chương trình chỉ cho phép mã hóa văn bản ở mức Nominal. Nếu sử dụng các mức độ mã hóa cao hơn thì phải trả phí cho nhà sản xuất chương trình Secure Message.
Sau khi đã thực hiện việc mã hóa, vào menu File -> Save As (hay nhấn tổ hợp phím Ctrl+A) để lưu đoạn văn bản đã được mã hóa dưới dạng file .txt, hoặc có thể nhấn vào nút copy trên thanh công cụ để copy toàn bộ nội dung văn bản đã mã hóa này rồi “dán” vào khung soạn e-mail và gửi đi.
Khi nhận được e-mail, để thực hiện việc giải mã, người nhận phải mở chương trình Secure Message lên, sau đó copy đoạn văn bản đã được mã hóa trong e-mail rồi “dán” vào khung soạn thảo của chương trình, hoặc nếu được gửi bằng file .txt thì người nhận cần vào menu File -> Open rồi chọn file .txt đó. Sau đó, người nhận ghi mật khẩu cung cấp vào khung Password 0000 rồi nhấn nút dấu trừ màu đỏ trên thanh công cụ (hay nhấn phím F4), đoạn văn bản sẽ được giải mã. Khi nhấn nút dấu trừ màu đỏ mà có xuất hiện hộp thông báo thì chỉ việc nhấn OK trong các hộp thông báo.
Cần lưu ý là đoạn văn bản sau khi mã hóa luôn bắt đầu bằng dòng ### BEGIN SECURE MESSAGE v1.0 ### và kết thúc bằng dòng ### END SECURE MESSAGE ###. Nếu cứ để nguyên cả đoạn mã lệnh này gửi đi cho người nhận thì người lạ khi xem e-mail này, cũng có thể đoán ra nội dung e-mail đã được mã hóa. Vì vậy, chỉ nên gửi nội dung văn bản đã mã hóa nằm giữa hai dòng ### BEGIN SECURE MESSAGE v1.0 ### và ### END SECURE MESSAGE ### cho người nhận và thỏa thuận trước để người nhận tự thêm hai dòng này vào đầu và cuối đoạn văn bản trước khi giải mã. Như thế, nếu có người lạ mở e-mail do bạn gửi đến thì cũng không đoán được là nội dung e-mail đã được mã hóa.